主要区别在于：地理位置不同、投用时间、规模。
一、地理位置不同
1、长沙南站：位于湖南zhi省长沙市雨花区花候路。
2、长沙站：位于湖南省长沙市芙蓉区车站中路406号。
二、投用时间
1、长沙南站：于2009年12月26日正式投用。
2、长沙站：于1977年7月1日正式投用。
三、规模
1、长沙南站：长沙南站站房建筑面积27.8万平方米，站场规模为13台28线。是连接京广高速铁路与沪昆高速铁路的重要枢纽车站，是中国中南地区的区域性铁路客运中心，也是长沙铁路枢纽的重要组成部分。长沙南站西站房竖向分为出站层、站台层、高架层三个层面。长沙南站东站房分为5层，其中地上2层，地下3层。
2、长沙站：长沙站总面积达6.8万平方米，站场规模为7台16线。设有3个普通候车室和母婴、军人、软席、雅座候车室。长沙站联系着京广铁路、沪昆铁路、石长铁路、长株潭城际铁路等铁路干线。