《牧神记》的结局是，秦牧穿越千亿年，最终成为牧神。讲述了残老村的人们在江边捡到的一个婴儿，他们很开心，把他取名为秦牧，也希望他以后能健康的活着。以司婆婆为首的残老村的老人们，以灵血喂他希望他能够修行，奈何他不是灵体，因此村长骗他们说秦牧是霸体，结果把自己也给骗到。秦牧在残老村的老人们精心的呵护下，他便走向反派的修行之路。
他很聪明，学什么都会。但又很谦虚，说自己什么都不会。在一步一步的历练中，一人打遍天下无敌手，也学得一身神技能。最终成为至高无上的天尊，一个可以横跨无数宇宙的牧天尊。他的一生中有三段难忘的感情，他没有最爱的人，最后和延康七公主灵毓秀成亲，但是在洞房里什么都没有发生。虽然是情场高手但什么都不懂，却又偏偏赢得众多女子的芳心。
但是七公主灵毓秀，是跟秦牧走得最久的人，并且在最后他们有爱情的结晶，他们有一个可爱的女儿叫做秦灵筠。可惜的是在最后灵毓秀死，秦牧也变成白发苍苍的老人，当第一宇宙破灭劫逐渐变得虚空的时候，秦灵筠也变得越来越虚弱，最后是老师以死抵挡虚空的侵袭。
在混沌空间里，为人类，那些祖庭大罗天形自我封闭的小宇宙，还在延续着生命，延康的成道者们用他们最后的力量守护着一个个净土。在混沌空间里，无数梦境爆炸时，绽放的像烟花一般美丽。在秦牧一声声的呼唤里，没有任何人回应，在她绝望之时，黑暗的虚空里亮起无数光点，所有人都在等待他，他露出欣慰的笑容。