在清朝有段时期，南京一度也形同安徽的省会，而江苏这边有着苏州和南京两个省会。
中国省制的开端源自元朝实行的行省制，全称“XXX等处行中书省”，基本上确定了各省封疆。明代虽承袭元制，但在地方把行中书省改为承宣布政使司为最高民政机构，仍称省。各省布政使所在地即为省会，比如浙江布政使在杭州，杭州即为省会。明代，南京（应天府）曾作为首都，一直属于直隶状态，到了清朝，江苏却出现了苏州、南京并为省会的情况。
后来江南右布政使迁到苏州与江宁巡抚同城办公，成为江苏巡抚的前身，而驻地南京的江南左布政使则分为江南江苏布政使和江南安徽布政使两个，还是驻节在南京。康熙六年，江南省撤销，分东半部为江苏省，江苏巡抚、江苏布政使驻节苏州，西半部为安徽省，安徽巡抚驻节安庆，安徽布政使依旧在南京。又加了一个江宁布政使驻节南京主管苏北，江苏的两布政使分别管理江北和江南地带。