鸟类的起源有三种不同的假说。
一种认为鸟类起源于爬行动物中的小型恐龙。最早明确提出这一论点的是1868年英国古生物学家赫胥黎，他认为始祖鸟的大小、全身骨骼和与它共生的美颌龙很相似，但由于证据不多，加上许多学者认为这种骨骼相似也可能是“趋同进化”的结果，故未得到公认。
另一种假说认为鸟类起源于爬行动物中的槽齿类。这是1913年南非的布罗姆在研究一假鳄类化石时提出的。这一假说得到很多人的支持，甚至许多教科书都引用这一论点。美国著名的鸟类专家费杜西亚20世纪80年代先后发表了《鸟类时代》和《鸟类的起源和演化》，成为反对鸟类起源于恐龙的主要代表人物。
第三种假说认为鸟类起源于爬行动物中的鳄类，1972年英国古生物学家瓦尔克提出鸟类和鳄类可以组成一个单独的系列群。尽管瓦尔克在1985年放弃这一假说，但美国著名的古鸟类学家马丁还是支持这一假说等。