正黄旗和正白旗的起源不同。正黄旗建于明万历二十九年，由皇帝亲自统领，是上三旗之一。兵丁人口最多，至清末，下辖92个整佐领又2个半分佐领，约3万兵丁，男女老少总人口约15万人。正白旗，明万历二十九年（1601年），努尔哈赤初定，以旗色纯白而得名。正白旗是多尔衮死后，顺治皇帝将其纳入皇帝亲统八旗中的上三旗之一。
八旗制度是满族的社会组织形式，最初具有军事、生产和行政三方面的职能，对早期满族社会经济的发展起到了促进作用。努尔哈赤兴起以后，于1601年将征战中所吞并来的女真各部中的自由民“诸申”、“伊尔根”按每三百人编为一个牛录，作为八旗组织的基本户口和军事编制单位。五个牛录组成一个甲喇，五个甲喇组成一个固山（汉译为旗）。每个固山（旗）用一种专用的颜色作旗帜，最初只分四个固山，有黄、白、蓝、红四种颜色。分别为正黄旗、正白旗、正蓝旗、正红旗。后增设的四种镶边旗分别为镶黄旗、镶白旗、镶蓝旗、镶红旗、共为八旗。