在大致释义上没有什么区别，两者都有埋没的意思。但在侧重与出处上有所区别。
一、侧重不同
1、湮灭：淹没。侧重于被被具体的事物（比如河）或者是触不到的东西（感情）等盖在上面。
2、淹灭：消灭销毁。侧重于原来存在，现在不存在了。
二、出处不同
1、湮灭：
出自：北魏 杨炫之 《洛阳伽蓝记·宝光寺》：“逸曰：‘ 晋 朝三十二寺尽皆湮灭，惟此寺独存。’”
译文：杨逸说：‘晋代的朝廷的其他三十二寺全都被被消灭了，只有此寺单独留了下来。
2、淹灭：
出自：清 戴名世 《＜庆历文读本＞序》：“用以朝夕课读，而一旦出之於人间，使作者之精神不至於淹灭弗传。
译文：利用早晚来读书，一旦来到了这尘世间，让作者的精神不至于淹没消失不传。