1、不易擦洗：硅藻泥本身的结构是纳米的蜂窝状结构，他的吸附性要比活性炭高300倍，一旦用水擦拭可能就会直接吸附到分子结构中去，起不到清洁的作用。另外硅藻泥是“泥”，由于天性也是不能用水擦洗的，一旦墙面弄脏不能选择用水擦洗。
2、不耐脏：硅藻泥大多是淡雅的色调，在有小孩的家庭里很容易留下小孩玩耍的手印脚印什么的各种污迹。
3、不防水：硅藻泥由于其自身结构吸水性很强，且不防水，不能用于像厨房、卫生间之类潮湿的地方。
4、手感不佳：硅藻泥摸起来是比较粗糙，凹凸不平的，并没有油漆的光滑细腻。
硅藻泥脚垫的危害
若硅藻泥吸水脚垫质量不合格，如含有石棉等致癌物，则会对使用者的身体健康造成影响。